In der Phase I des Verfahrens wird eine flächendeckende Übersicht der naturschutzfachlich besonders bedeutsamen Tierarten und Lebensräume in einer Gemeinde erarbeitet. Grundlage sind die Recherche bereits vorhandener Daten sowie mehrtägige Übersichtsbegehungen durch die beauftragten Gutachter. Daraus werden vorrangige Naturschutzmaßnahmen und Schwerpunkträume für die Umsetzung abgeleitet. Auf dieser Grundlage werden in der Phase II dann tierökologische Detailuntersuchungen in den Schwerpunkträumen durchgeführt und ein flächenspezifisches Maßnahmenkonzept erarbeitet. Die Phase I des Verfahrens wurde inzwischen für alle 29 Biosphärengebiets-Gemeinden bearbeitet. Für einige Gemeinden liegen auch bereits Untersuchungen der Phase II vor.
Das Verfahren der „Biodiversitäts-Checks“ hat sich in mehreren Städten und Gemeinden Baden-Württembergs bereits als sehr hilfreiches Instrument für die Unterstützung kommunaler Planungen bewährt. Die erarbeiteten Datengrundlagen können u.a. bei der Erstellung von Landschaftsplänen und bei der Flächennutzungsplanung verwendet werden sowie Hinweise für die Bauleitplanung geben. Auch für die Lokalisierung von Ausgleichsmaßnahmen im Rahmen der Eingriffsregelung bietet sich die Verwendung an. Weitere Möglichkeiten der Umsetzung sind der Vertragsnaturschutz oder das Förderprogramm des Biosphärengebiets.
Der „Biodiversitäts-Checks“ ist ein Baustein des „Aktionsplans Biologische Vielfalt“ des Umweltministeriums Baden-Württemberg. Fachliche Grundlage ist das Zielartenkonzept Baden-Württemberg.